常総学院高等学校の部活動は、「強化部」と「運動系」と「文化系」の3つにわけられます。強化部のみが特技推薦の対象となります。特待制度が適用される場合もあります。
強化部
運動系

パワーリフティング部

男子バスケットボール部

弓道部

女子バスケットボール部

応援指導部(援慈会)

チアリーダー部

硬式テニス部

ゴルフ部

卓球部
文化系

デジタルファブリケーション部

International Communication Club

演劇部

クッキング部

軽音楽部

JRC部

写真部

書道部

フォークソング部

文芸同好会